Les cagots furent victimes d'un racisme notoire du reste de la population .

Le premier signe de cette ségrégation apparaît le 4 août 1471 , dans un règlement édicté par le bayle de Moumour , interdisant aux cagots l'accès aux cabarets et aux maisons "des autres" leur faisant obligation de marcher pieds nus. Cette mesure fut élargie par les Etats de Béarn , leur faisant obligation de porter un signe distinctif sur leur vêtement( à savoir une patte d'oie en tissu , un signe symbolique , riche de signification , remontant à la reine Pédauque , la reine aux pieds palmés.) de fuir le contact et en ordonnant même qu'ils s'écartent sur la voie publique pour céder la place .

Leur nom évolua : ils furent d'abord dit "crestians" , puis prirent le nom de cagots de ce côté-ci des Pyrénées et agots en Navarre.

Ils avaient interdiction de toucher les aliments à mains nues, devaient donc marcher pieds nus, ils ne pouvaient partager le cimetière ou simplement habiter avec les autres villageois. Ils ne pouvaient se marier qu'entre eux . A l'église, ils avaient leur entrée, leur partie réservée, leur coffre d'offrande séparée scrupuleusement des "autres".

Ils se réfugièrent dans les bois et se spécialisèrent dans le bois,( car on pensait que le bois ne transmettait pas de maladies)en devenant par exemple , charpentier.

Au Moyen Age, une terrible maladie frappa l'Europe, La Lèpre. On les accusa donc d'être des descendants de lépreux , même si dans le même temps , cette maladie reculait partout en Europe. Si l'on peut le comprendre au moment fort de cette épidémie, il fallait éloigner les risques de propagation , on peut difficilement comprendre pourquoi cette ségrégation perdura , quand la maladie disparut .

La royauté intervint en interdisant cette ségrégation . L'application ne fut pas simple . Plus nombreux , embourgeoisés par leurs activités maintes fois sollicités grâce à leur savoir faire, ils employèrent de nombreux juristes pour plaider leur cause devant les parlements de Toulouse et de Bordeaux. A Biarritz, en août 1732, on vit une émeute de femmes après un arrêt du parlement de Bordeaux, jugé trop favorable aux cagots , décidé par un certain Montesquieu ....

Mr Tucoo-Chala rapporte qu'il entendit parler "à demi-mot" d'une famille cagot à Nay . On en parlait avec gêne 

l'abbé Quidarré , dans l'un de ses cahiers aujourd'hui disparus, rapportait qu'il y aurait eu une famille cagot .