Notre commune est bien irriguée par de nombreux ruisseaux et des zones humides . Parmi les ruisseaux on peut citer Le Luc qui traverse le village , L'Ousse qui le longe côté ferme Cazenave vers le quartier de l'aumette , le ruisseau de Couet daban, le Gabastou, l'Oussère et le Barade (en prenant la route qui aboutit derrière le garage Dos Santos) qui borde son territoire à l'ouest ainsi que le  ruisseau de Bad plus à l'est du territoire 

Lamarque Pontacq fait partie du bassin de l'Adour et de la Garonne . Bien arrosée, la population s'est vite installée dans ce territoire après la destruction du village originel situé près de la chapelle de Piétat , lors des guerres de religion  , pour se réfugier près des remparts de la cité de Pontacq . De nombreux ateliers travaillant les peaux ou la laine , ont pu voir le jour en bénéficiant de ce réseau hydrographique riche de ses 14 km de longueur .

Lamarque Pontacq a de nombreuses zones naturelles de fort intérêt écologique , faunistique et floristique (ZNIEFF) :on citera notamment  les « tourbières de Couet-Daban et de Gabastou qui s'étendent sur 47 ha ,   la « zone humide de Bouscat » (6 ha) et  le " le plateau de Ger ".